教学课程：任教专业 教育学-科学教育、生物学课程与教学论
研究领域：
国际科学教材的比较和评价研究、国际科学课程标准比较研究、基于概念的科学教育研究等
主讲课程：
生物学教学论、生物学教育原理与方法、中外生物学教育比较等课程。指导研究生：毕业的课程与教学论硕士、博士、教育硕士超过 50 人，现在读生物学课程与教学论专业学术型博士2人，课程与教学论专业学术型硕士5人，学科教育（生物）教育专业型硕士2人（至2012年6月）。
主要成就：
自 1999 年以来，刘恩山先后担任 《生物学通报》编委会常务副主编、全国中学生物学竞赛委员会主任、中国动物学会生物学竞赛委员会主任、中国教育学会生物学教学分会副理事长、北京市幼儿科普学会理事长、北京生物学教学研究会副理事长、中国动物学会科普委员会委员、教育部考试中心兼职研究员等学术职务。同时还先后兼任北京师范大学国家基础教育课程标准实验教材总编委会副主任、北京师范大学基础教育课程研究中心副主任、北京师范大学科学教育中心副主任等多项职务。
在我国第八次基础教育课程改革中，刘恩山是初中生物教学大纲、高中生物教学大纲修订工作的牵头人，是我国初中生物课程标准、高中生物课程标准研制工作的项目负责人，为我国中学生物学课程的发展作出了积极的贡献。他承担了生物课程标准教材的研发任务，他主编的生物学实验教材，得到了实验学校的认可和好评。他还在新课程的教师培训中承担了大量的工作。
刘恩山是我国“ 2049 全民科学素质行动计划”的专家组成员，并担任了该项目中“公民科学素质建设国际比较”子课题的负责人。
自1993 年，刘恩山连续参与组织全国生物学奥林匹克竞赛活动，有数以万计的优秀中学生参加了这项活动，为我国生物学后备军的培养做出了积极的贡献。他已经 9 次带领我国生物学奥林匹克代表队参加国际竞赛，指导我国选手夺得数十枚金、银奖牌。
主要论著：
论文
1.面对新世纪的挑战、推进生物教学改革——高中生物教学大纲的修订及其理念
2.高校生物教学改革与教师观念的改变
3.对中美初中生物学课程标准中目标及内容的比较
4.21世纪我国中学生物学课程改革的构想和发展策略
5.改革生物学课程、提高教学质量——初中生物教学大纲的指导思想和特点
6.对北京初中学生学习‘光合作用与呼吸作用'知识水平的研究
7.初中学生生物学质疑能力培养的实验研究
8.生物课程标准的研制背景和特点
9.在校高中生的生物学学习态度的调查研究
10.领略生命世界的精彩 体验科学探究的乐趣——《生物学》（北师大版）教科书的设计思路和特点
11.应用建构主义理论进行生物教学的初步研究
12.概念图的研究及其进展
13.生物学教学中引入概念图策略的实验研究
14.《普通高中生物课程标准》的研制基础
15.《普通高中生物课程标准》的设计思路和主要特点
16.高中生学习生物学动机的初步研究
17.运用概念图进行生物教学对学生认知方式的影响
18.画概念图对 11年级学生认知结构形成的影响
19.Interest in Biology Among High School Students in China
专著
1. 中学生物学教学论
2. 生物教育研究方法与案例
课题：
生物学教育专业主干课程教学内容体系改革与实践
生物学教学论课程与教材建设
教材：
五、四学制生物学课程标准和教材的研究和编写
《全日制普通高级中学生物教学大纲（供实验用）》修订
《九年义务教育全日制初级中学生物教学大纲（验用）》修订
《全日制义务教育生物课程标准》的研制
《普通高级中学生物课程标准》的研制
《生物学 —— 义务教育课程标准实验教科书》及系列教材的研制
《生物学——普通高中生物课程标准实验教材》及系列教材的研制
2002 及 2003 年初中毕业、升学考试评价
2049 全民科学素质行动计划： A-3 公民科学素质建设国际比较
十五课题：国际科学教育中科学技能实作评价研究
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